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侵攻フラグとはスクリプト上で「Flag」と表示されているものの事を指し、 侵攻フラグは他国に攻め込まれている場合に立つ。 海軍艦隊交戦コマンドによって攻め込まれた場合は数ターンたてばフラグは消えるが、 本土上陸コマンドで進駐されてしまうと、この進駐軍を排除するまで侵攻フラグは消えることは無い。
侵攻フラグが立つと海上封鎖状態になり、島の行動に制約がかかる。